四川省農業科學院水產研究所是四川省唯一的省級水產科研機構，現有職工134人，其中專業技術人員61人。在20世紀90年代開始對冷水性魚類進行研究，重點對土著品種的川陜哲羅鮭、齊口裂腹魚、重口裂腹魚、石爬鮡等魚類，于2009年將國家二級重點保護動物—川陜哲羅鮭馴養存活，2014年人工繁殖技術取得突破；先后承擔并完成了100余項科研課題，獲省部級重大科技成果獎28項，獲得四川省政府科技進步一、二等獎多項，公開發表科技論文200多篇，出版科技著作30多部。主持公益性行業（農業）科研專項 “稻-漁耦合養殖技術研究與示范”，參與實施的國家大宗淡水魚類產業技術體系、冷水性魚類養殖產業化研究與示范、珍稀水生動物繁育與物種保護技術研究、雅魯藏布江中游魚類資源保護及利用等。
起草制定了30余項國家和地方標準。開展水利工程水生生物資源調查與評價，為葛洲壩、大渡河梯級電站等多項重大水利工程水生生物環境評價及漁業資源保護提供了科學方案，并編寫了《長江上游珍稀魚類國家級自然保護區綜合考察報告、總體規劃》。
全所以建“西部第一，全國一流”院所、建綜合型淡水漁業科研強所為目標，為水產業的全面發展，建設社會主義新農村做出更大貢獻。