南海水產研究所成立于 1953 年， 是我國最早建立的從事熱帶亞熱帶水產科學研究的非盈利公益型國家科研機構。 全所現有職工 335 人，其中高級研究人員96人，國家級和省、部級有突出貢獻專家10名，享受政府特殊津貼專家26名，中國水產科學研究院首席科學家4名；博士生導師5名，碩士生導師35名。
所內設有食品工程與質量安全研究室、水產養殖與生物技術研究室、海洋漁業資源研究室、漁業生態環境研究室、漁業工程研究室和漁業生物病害防治研究室 6 個研究室；此外，還設有漁業信息中心、海南熱帶水產研發中心、深圳實驗基地、花都試驗基地、調查船基地和飼料與南海水產研究所科技服務公司。
依托所內各學科組建了國家水產品加工技術研發中心、農業部水產品加工重點實驗室、農業部南海漁業資源開發利用重點實驗室、農業部華南水產品加工與質量安全研究中心、農業部漁業環境及水產品質量監督檢驗測試中心（廣州）、農業部水產品貯藏保鮮風險評估實驗室（廣州）、廣東省漁業生態環境重點開放實驗室、中國水產科學研究院南海水產種質資源與健康養殖重點實驗室、中國水產科學研究院海洋牧場技術重點實驗室、中國水產科學研究院水產品加工及綜合利用工程技術研究中心、中國水產科學研究院網箱工程技術研究中心、博士后科研工作站、農業部南海區海水養殖病害防治研究中心、農業部南海區漁業生態環境監測中心、農業部南海漁業資源與環境野外科學觀測試驗站、農業部斑節對蝦遺傳育種研究中心、全國水產技術標準化委員會漁業資源分技術委員會、廣東省水產標準化技術委員會、人力資源和社會保障部特有工種技能鑒定站等19個部（省）、院級重點實驗室、研究中心、野外臺站等。
建所以來，已經承擔各級各類科研項目2652項，獲各類科研成果 840 余項，其中，國家級獎 16項，省、部級獎勵 260 項。2002-2012年，承擔包括國家自然科學基金、國家科技支撐計劃、國家863計劃等各類科研項目共1103 項，其中國家級項目281項、省部級項目644項；獲得各級成果獎勵104項次，其中國家獎3項，省（部）級一等獎5項、二等獎等52項。出版核心學術期刊《南方水產科學》，擁有華南地區貯藏量最豐富的熱帶亞熱帶海洋生物標本館、新建了四大科學實驗基地和一艘千噸級海洋漁業科學調查船。這些成果，為促進我國水產科學技術發展和繁榮漁（農）村經濟做出了積極的貢獻。